消費税は、お客様から預かった消費税から、仕入れ先に支払った消費税を差し引いた額を納める、という仕組みです。たとえば、売上315、仕入れ210のとき、15-10=5を消費税として国に納めます。この「-10」のことを「仕入税額控除」といいます。この仕入税額控除の要件として、帳簿・請求書の保存があるのですが、税務調査で見せなかった場合に、保存がないと判断した最高裁の判例があります。つまり、「-10」が否定されて、5のはずの消費税が15になってしまう、ということです。「保存」という言葉に、税務署の職員に見せることが含まれると解釈することは、租税法律主義（税金のことは法律で明確に定めなさいという憲法の原則。憲法８４条。）からいって若干の疑問が残りますが、いまのところは裁判所で争っても勝てません。なお、この場合は、法人税の青色申告承認の取消し、推計課税も考えられます。
ちなみに、税務署の職員には守秘義務があります。